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空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド（実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ）**鈴木 穣/9784758122610/978-4-7581-2261-0/羊土社**

販売価格
8,580円（税込み）
編著
鈴木 穣
出版社
羊土社
分野
　
生命科学（ライフサイエンス）

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書籍版 販売期間
2022/12/05～
JANコード
9784758122610
商品コード
9784758122610
発行 2022年12月
サイズ ：B5判　244頁
ISBN：978-4-7581-2261-0
最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ！

シングルセル解析の弱点「位置情報の損失」を補う新技術は，実際どこまで使えるのか?! 次々に開発される機器のそれぞれの特徴とプロトコール，さらに応用例と今後の技術展望まで，最先端の情報を凝縮した1冊．

【目次】
序―配列からバイオロジーへ
空間オミクス解析への期待
“使う”時代がやってきた

概論　空間オミクス解析の技術レビューと機器・データ解析ツール選択ガイド<br><br>

◆ 実践編第1章　技術とプロトコール<br>
1　空間トランスクリプトーム　Visiumによる新鮮凍結／FFPE組織検体の解析
2　空間トランスクリプトーム　Visium のデータ解析ツール
3　空間トランスクリプトーム　ロングリードシークエンスを用いたscRNA-seqおよびVisiumの全?cDNA解析
4　空間トランスクリプトーム　深層学習を活用したVisium測定結果の超解像度化
5　空間トランスクリプトーム　Xenium In Situ
6　空間トランスクリプトーム　HybISS（Hybridization-based in situ sequencing）
7　空間トランスクリプトーム　Stereo-Seq（STOmics）
column　ROI組織パンチングによる空間的遺伝子発現解析
column　セミバルクRNA-seq
8　空間プロテオーム　Hyperion Imaging Systemを用いた多重イメージングマスサイトメトリー
9　空間プロテオーム　PhenoCyclerを用いた多重蛍光免疫染色
10　空間プロテオーム（空間トランスクリプトームも可能）　GeoMxを用いたがん組織のマルチタンパク質発現解析
11　空間メタボローム　メタボロームと時空間オミクスの融合とイメージングマス

第2章　データベース
12　バイオイメージングデータベースの現状と展望
13　遺伝子発現データベースを活用した空間・発生解析

◆ 応用研究編
第1章　発展的空間オミクス解析
1　空間オミクス解析を補う1細胞トランスクリプトーム技術の最前線
2　空間トランスクリプトームと1細胞トランスクリプトームの統合解析
3　空間トランスクリプトームに基づく細胞間相互作用ネットワークの解析技術
4　セルオミクスによる臓器・全身の空間コンテキスト解析
5　イメージングによるオミクス状態の推定

第2章　活用例と展望
6　免疫研究と空間オミクス解析
7　空間トランスクリプトームを用いた感染症研究の芽生え
8　心臓血管疾患と空間オミクス解析
9　がん免疫研究におけるシングル細胞解析と空間解析への展開
10　精神医学研究におけるゲノム解析と空間トランスクリプトームの現状
索引

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